據影像紀錄內容，呂昱本名呂建興，出生於臺南。幼時隨父親經商，遷居澎湖。1967年省立馬公中學畢業，考入高雄左營中學，積極參加以大學生為首的課外活動組織「自覺會」，擔任左營中學聯絡處總幹事。回澎湖省親時，巧遇正於當地服役的自覺會前會長許席圖，獲其邀請參與籌組「中國統一事業基金會」（統中會）。1968年因與教官衝突而主動休學，北上投靠許席圖。

1969年春節返家期間被捕，遭控涉嫌統中會案，移送警總軍法處，11月遭判有期徒刑15年，1970年更審加重為無期徒刑。1975年逢蔣介石逝世，減刑為15年。於景美看守所服刑，1982年移送仁愛教育實驗所至刑滿。

在獄中及出獄後寫作投稿，曾榮獲吳濁流文學獎小說佳作獎。解嚴前後活躍於學運及社運，串連多所大學學生創辦《南方》雜誌，提供意見發表平臺。近年仍致力於有關轉型正義的演講、導覽與文學創作。